在崩坏3rd中关卡分为活动关卡、主线关卡、外传关卡这三种，目前游戏中尚未开放外传关卡，所以玩家在游戏中接触到的就是主线和活动关卡。

主线关卡
游戏的主要内容，体验崩坏3rd的精彩剧情，在主线关卡中还能刷出绝大多数的基础武器、圣痕、素材以及女武神碎片，是游戏前期的主要活动场所。
主线剧情关卡分为普通、困难及噩梦三种模式，困难模式在完成普通难度的2-5关卡后解锁，难度更高噩梦模式在完成困难模式2-20后开启。
每章主线剧情关卡中还包含了五个隐藏的EX关卡，EX关卡的开启条件和舰长在本章中获得的勋章数量有关。和主线剧情关卡相比EX关卡的难度更高。

活动关卡
目前游戏有以下主要的活动关卡：

曜日活动
能刷到强化武器所需的素材及金币的地方，每周一至周五会依次开放对应属性的进化关卡，周末两天则开放金钱关卡，在游戏前期应积极挑战。

女武神训练基地
掉落各类升级所用到的经验道具，其中武器和圣痕的掉落物品能节省大量培育时间，同样是需要在前期积极挑战的关卡。

降临关卡
产出稀有武器的地方，降临关卡的敌人均为在主线剧情关卡中登场过的BOSS角色。虽然招式和在主线关登场时没有区别，但部分BOSS会加入一些特殊机关，活用这些机关能降低讨伐难度。

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无尽深渊
舰长等级达到25级后解锁的特殊活动图，大家可以把无尽深渊理解为天梯模式，每轮活动持续两天，在活动期间舰长到达的层数越高排名也越高，最终获得的奖励也会不同。由于前几层的难度并不高，而且获得的勋章可以卖钱，是游戏前中期获得金币的好去处。